Правительство Республики Казахстан является Единственным акционером Акционерного общества «Национальный инвестиционный холдинг «Байтерек».

Состав Совета директоров Холдинга формируется из числа членов Правительства Республики Казахстан, Председателя Правления, независимых директоров и иных физических лиц.

В состав Правления входят Председатель Правления, его заместители и иные лица.